Basado en el microscopio iScope y cámara digital de Euromex , la motorización y el software han sido desarrollados por Winkoms,… Llegeix més: SmartScope Lite
Mosaic Image Captured with SimpleXYZ Motorized Stage
iScope Microscope from Euromex
Objective 4x
Camera Euromex 6MP
Mosaic processed with Microscoft Image Composite Editor from Array of 15x15x3 total of 675 images
Todos los microscopios, por buenos que sean presentan pequeñas deficiencias en la iluminación de las muestras, esto se traduce que aún realizando el centraje del condensador correctamente, podemos tener diferencia de iluminación entre el centro de la imagen y los bordes de esta.
fonsIncorrecte
En el ImageJ existen multitud de plugins para corregir estas diferencias de iluminación. Aquí os explicaré como hacerlo con el Plugin Calculator_Plus ( http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/calculator-plus.html ).
Doy por supuesto que ya tenéis instalado el ImageJ ( http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html ) y que habéis copiado el Plugin Calculator_Plus.class en la carpeta Plugins.
Para realizar las correcciónes de fondo aplicaremos la formula citada en la web del Calculator_Plus:
Imagen Corregida = (Imagen/Fondo)*255
El resultado es:
Fondo Corregido
Como podreis observar se ha corregido no sólo el fondo , sino también el balance de blancos. Ahora bién el “precio” que debemos pagar es una reducción del rango dinámico de la cámara. Para que el resultado sea el correcto la imagen del fondo DEBE tener la misma exposición y configuración que la imagen a corregir, esto se consigue simplemente quitando la muestra del microscopio ;-).
Aquí va un vídeo de todo el proceso en el que podréis ver que también funciona con imágenes de fluorescencia:
Después de haber publicado varios tutoriales ( podéis encontrarlos en el apartado Tutoriales de la izquierda ) sobre la Deconvolución con ImageJ , he podido ver ¡ que mucha gente se los ha descargado ! pero al comentar su uso con los usuarios más cercanos a mi ( en Barcelona ) me he dado cuenta que el problema de usarlos o no esta directamente relacionado con el uso previo del ImageJ (http://rsb.info.nih.gov/ij/) , provocando que usuarios que no lo conocen o no saben como usar un plugin o instalar una Macro , puedan usarlo correctamente.
Por este motivo me he decido a compilar en un unico JAR una versión del ImageJ con los plugins de Parallel Spectral Deconvolution de Piotr Wendykier, con una Interface de usuario SUPER BASICA con las mínimas opciones para que deconvolucionar sea MUY FACIL. El programa incluye 4 PSF generados según mis tutoriales que podéis sustituir ( si quereis ) por los vuestros facilmente sobreescribiendo los archivos TIF que están dentro de a carpeta “PSF”.
Podeis descargarlo en el siguiente enlace LEICHTDECO.ZIP
Este software esta contiene partes( por no decir casi TODO 😉 ) de código de ImageJ y de Piotr Wendykier bajo licencia Creative Commons Atribución No Comercial Compartir Igual 3.0 Unported.
12Noviembre-> Añadido que al selecionar la foto/imagen, la previsualice en la ventana antés de Procesarla/Deconvolucionarla.
¡Ultima actualización del 14 Noviembre 2012!
Añadido archivo BAT para asignar más RAM al programa para poder deconvolucionar Stacks de Imagenes sin desbordar la memoria del ordenador
Añadido Manual de Usuario en PDF
Añadida Aplicación para usar el software en entornos MAC OS X
Para cualquier duda o consulta podéis contactar conmigo en info@acolomamicroscopis.com
Aquí tenéis disponible un par de macros para deconvolucionar imágenes de manera muy fácil con el ImageJ ¡si es que el Plugin Parallel Spectral Deconvolution no fuera sencillo ya ! Archivos ZIP con las 2 macros para instalar en la carpeta Plugins del ImageJ
El motivo de escribir estas macros fue que algunos clientes me comentaban que no podían mejorar sus imágenes de fluorescencia , y después de ver sus imagenes, era claro que el problema era que usaban PSF “incorrectos”.
Para solucionar esto, aprovechando que el Plugin Parallel Spectral Deconvolution de Piotr Wendykier soporta las macros de ImageJ, escribí unas macros en las cuales sólo debamos “seleccionar” la apertura númerica de nuestro objetivo y esperar unos segundos a que acabe la deconvolución :-D.
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