Venta, Reparación y Desarrollo de Microscopios y Aparatos Ópticos

SimpleXYZ Mosaic 15x15x3 Obj 20x

Mosaic Image Captured with SimpleXYZ Motorized Stage
iScope Microscope from Euromex
Objective 20x
Camera Euromex 6MP
Mosaic processed with Microscoft Image Composite Editor from Array of 15x15x3  total of 675 images
 

Software LeichtDeco Deconvolución OpenSource

Después de haber publicado varios tutoriales ( podéis encontrarlos en el apartado Tutoriales de la izquierda ) sobre la Deconvolución con ImageJ , he podido ver ¡ que mucha gente se los ha descargado ! pero al comentar su uso con los usuarios más cercanos a mi ( en Barcelona ) me he dado cuenta que el problema de usarlos o no esta directamente relacionado con el uso previo del ImageJ (http://rsb.info.nih.gov/ij/) , provocando que usuarios que no lo conocen o no saben como usar un plugin o instalar una Macro , puedan usarlo correctamente.
Por este motivo me he decido a compilar en un unico JAR una versión del ImageJ con los plugins de Parallel Spectral Deconvolution de  Piotr Wendykier, con una Interface de usuario SUPER BASICA con las mínimas opciones para que deconvolucionar sea MUY FACIL. El programa incluye 4 PSF generados según mis tutoriales que podéis sustituir ( si quereis ) por los vuestros facilmente sobreescribiendo los archivos TIF que están dentro de a carpeta “PSF”.

Podeis descargarlo en el siguiente enlace LEICHTDECO.ZIP

Este software esta contiene partes( por no decir casi TODO 😉 ) de código de ImageJ y de Piotr Wendykier bajo licencia Creative Commons Atribución No Comercial Compartir Igual 3.0 Unported.
12Noviembre-> Añadido que al selecionar la foto/imagen, la previsualice en la ventana antés de Procesarla/Deconvolucionarla.
¡Ultima actualización del 14 Noviembre 2012!

• Añadido archivo BAT para asignar más RAM al programa para poder deconvolucionar Stacks de Imagenes sin desbordar la memoria del ordenador
• Añadido Manual de Usuario en PDF
• Añadida Aplicación para usar el software en entornos MAC OS X

Para cualquier duda o consulta podéis contactar conmigo en info@acolomamicroscopis.com

Saludos,

F.Xavier Gómez

Macros de Deconvolución gratuitos para ImageJ

Apreciados lectores,

Aquí tenéis disponible un par de macros para deconvolucionar imágenes de manera muy fácil con el ImageJ ¡si es que el Plugin Parallel Spectral Deconvolution no fuera sencillo ya ! Archivos ZIP con las 2 macros para instalar en la carpeta Plugins del ImageJ

Macros Deconvolucion gratuita ACOLOMA

El motivo de escribir estas macros fue que algunos clientes me comentaban que no podían mejorar sus imágenes de fluorescencia , y después de ver sus imagenes, era claro que el problema era que usaban PSF “incorrectos”.

Para solucionar esto, aprovechando que el Plugin Parallel Spectral Deconvolution de Piotr Wendykier soporta las macros de ImageJ, escribí unas macros en las cuales sólo debamos “seleccionar” la apertura númerica de nuestro objetivo y esperar unos segundos a que acabe la deconvolución :-D.

Atención para que funcionen estas Macros de ImageJ debéis tener instalados los Plugins que se detallan en el anterior post sobre “Deconvolución de Imágenes de Fluorescencia de Microscopio”

¡Actualización Noviembre 2012!, podéis usar una versión compilada directamente en JAR para no tener que configurar nada en ImageJ

Más info  http://acolomamicroscopis.com/portal/?p=398

Para cualquier consulta o comentario podeis contactar conmigo directamente.

Saludos,

F Xavier Gómez

fxgomez@acolomamicroscopis.com

Macro deconvolucion ImageJ por F.Xavier Gómez se encuentra bajo una Licencia Creative Commons Atribución 3.0 Unported.
Permisos que vayan más allá de lo cubierto por esta licencia pueden encontrarse en http://acolomamicroscopis.com/portal/?page_id=14.