En la microscopia óptica existen distintas técnicas de iluminación desde el Campo Claro hasta las más complejas técnicas como el Contraste Interferencial Nomarski.
A modo de ejemplo aquí os presento un pequeño vídeo con 3 de estas técnicas, Campo Claro, Contraste de fases y Campo Oscuro tomadas con muestras vivas
Aquí teneis el vídeo:
Para más información podéis contactar conmigo. Saludos,
F.Xavier Gómez
fxgomez@acolomamicroscopis.com
Todos los microscopios, por buenos que sean presentan pequeñas deficiencias en la iluminación de las muestras, esto se traduce que aún realizando el centraje del condensador correctamente, podemos tener diferencia de iluminación entre el centro de la imagen y los bordes de esta.
fonsIncorrecte
En el ImageJ existen multitud de plugins para corregir estas diferencias de iluminación. Aquí os explicaré como hacerlo con el Plugin Calculator_Plus ( http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/calculator-plus.html ).
Doy por supuesto que ya tenéis instalado el ImageJ ( http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html ) y que habéis copiado el Plugin Calculator_Plus.class en la carpeta Plugins.
Para realizar las correcciónes de fondo aplicaremos la formula citada en la web del Calculator_Plus:
Imagen Corregida = (Imagen/Fondo)*255
El resultado es:
Fondo Corregido
Como podreis observar se ha corregido no sólo el fondo , sino también el balance de blancos. Ahora bién el “precio” que debemos pagar es una reducción del rango dinámico de la cámara. Para que el resultado sea el correcto la imagen del fondo DEBE tener la misma exposición y configuración que la imagen a corregir, esto se consigue simplemente quitando la muestra del microscopio ;-).
Aquí va un vídeo de todo el proceso en el que podréis ver que también funciona con imágenes de fluorescencia:
Apreciados lectores,
Aquí tenéis disponible un par de macros para deconvolucionar imágenes de manera muy fácil con el ImageJ ¡si es que el Plugin Parallel Spectral Deconvolution no fuera sencillo ya ! Archivos ZIP con las 2 macros para instalar en la carpeta Plugins del ImageJ
Macros Deconvolucion gratuita ACOLOMA
El motivo de escribir estas macros fue que algunos clientes me comentaban que no podían mejorar sus imágenes de fluorescencia , y después de ver sus imagenes, era claro que el problema era que usaban PSF “incorrectos”.
Para solucionar esto, aprovechando que el Plugin Parallel Spectral Deconvolution de Piotr Wendykier soporta las macros de ImageJ, escribí unas macros en las cuales sólo debamos “seleccionar” la apertura númerica de nuestro objetivo y esperar unos segundos a que acabe la deconvolución :-D.
Atención para que funcionen estas Macros de ImageJ debéis tener instalados los Plugins que se detallan en el anterior post sobre “Deconvolución de Imágenes de Fluorescencia de Microscopio”
¡Actualización Noviembre 2012!, podéis usar una versión compilada directamente en JAR para no tener que configurar nada en ImageJ
Más info http://acolomamicroscopis.com/portal/?p=398
Para cualquier consulta o comentario podeis contactar conmigo directamente.
Saludos,
F Xavier Gómez
fxgomez@acolomamicroscopis.com
Macro deconvolucion ImageJ por F.Xavier Gómez se encuentra bajo una Licencia Creative Commons Atribución 3.0 Unported.
Permisos que vayan más allá de lo cubierto por esta licencia pueden encontrarse en http://acolomamicroscopis.com/portal/?page_id=14.
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